Однако, и Тверской князь Борис, несмотря на традиционную вражду Твери и Москвы, посмотрел на дело глазами православного христианина, а не политика: он также велел арестовать митрополита, и в результате Исидору довелось еще полгода просидеть в заключении. Из Твери он попадает в Новогрудок — митрополичью кафедру Литовской Руси, — но и здесь его ожидает полный провал: великий князь Казимир признал законным не Ферраро-Флорентийский собор и папу Евгения IV, а Базельский с его антипапой Феликсом V. В результате унию не приняла даже Литва. Такого, вероятно, Исидор не мог предположить даже при самом худшем прогнозе событий.