Med få dages mellemrum forsvinder to mænd i København — den ene en fattig særling og eneboer, den anden en pæn og respektabel fuldmægtig i krigsministeriets 14. afdeling. Næppe er de to mænd efterlyst, før der på Amager Fælled gøres et frygteligt fund, de grufuldt lemlæstede rester af et menneske, der har sprængt sig selv i luften med dynamit …
Den forsvunde fuldmægtig er en satire over vanemenneskets afhængighed af den borgerlige tilværelses konvention og disciplin med embedsmandens kontortilværelse som eksempel.