El mismo Clarín observó las semejanzas de esta novela con Madame Bovary, de Flaubert, así como también señaló su filiación naturalista y su interés en plasmar los planteamientos entonces en boga del krausismo (de Krause), filosofía social así llamada en España para identificar las corrientes progresistas que buscaban una regeneración cultural y moral de la sociedad a través de la modernización de la educación, lo cual contemplaba, entre otras cosas, el alejamiento de los caducos y mojigatos preceptos de la Iglesia.
La Regenta presenta una compleja estructura de planos principales y secundarios y destaca por la riqueza de sus personajes secundarios, en contraste con la voluntaria indefinición de la protagonista, una mujer de provincias envuelta en un torbellino de contradicciones por sus amores adúlteros con un galán de ciudad y un sacerdote. La vida tediosa de Vetusta (trasunto de Oviedo), el comportamiento murmurador y mojigato de los ambientes más tradicionales, el mundo de la servidumbre, de los canónigos, la aristocracia y los librepensadores reunidos en el casino, todo conforma un denso fresco de intrincadas relaciones que tienen como telón de fondo la dificultad para vencer la hipocresía y la estupidez humanas.
La protagonista, Ana Ozores es una joven provinciana, bella e inexperta, que ha sido criada por unas tías suyas, las cuales deciden buscarle un marido. Ana acepta casarse con Víctor Quintanar, un magistrado bonancible y aburrido de casi cincuenta años de edad. Tras su retiro como Regente de la Audiencia de Vetusta, Víctor dedica más tiempo a sus lecturas y a ir de caza con su amigo Frígilis que a dedicar atenciones a su hermosa mujer. Ana, frustrada y aburrida, es objeto del cacique y seductor local, Álvaro Mesía, ante lo cual busca la protección espiritual del canónigo Fermín de Pas. Pero, éste pronto revela ciertos sentimientos hacia ella, lo que la induce a dejarse seducir por Álvaro. Pero, el canónigo, hombre de orígenes humildes, pero soberbio y ambicioso, le declara entonces su pasión a Ana, iniciándose una pugna de ambos hombres que acabará con el desvelamiento de los amores del donjuán y Ana ante el marido. Éste reta en duelo a Álvaro, pero muere en el mismo y Álvaro huye como un cobarde.
Todo ello ha ido transcurriendo en un entorno tenso y lleno de cuchicheos por la ciudad, además de con afrentosas situaciones entre los aspirantes a poseer a Ana, uno representante del poder de la Iglesia y el otro de la aristocracia terrateniente. Ya viuda, Ana queda expuesta al desprecio hipócrita de la mayoría de los ciudadanos, excepto unos pocos, como Frígilis, que se muestra comprensivo. Al final, la Regenta queda desmayada en el suelo de la catedral, al ir a confesarse y encontrar que es el canónigo Fermín quien está en el confesonario.