I slutningen af 1800-tallet hoppede Hans Alfred Langkilde over bord fra en båd, svømmede i land i Samoa, giftede sig med en høvdingedatter og grundlagde en stor familieklan. Nu, ca. 150 år senere, følger journalist Johannes Langkilde sporet efter sin forfader og rejser til den anden side af Jorden. Min fætter er høvding i Samoa er en opløftende og personlig beretning om et uventet eventyr — om udlængsel, kærlighed og stærke familiebånd.