Собор, на духовную атмосферу которого сильное влияние оказывали иезуиты, особенно подчеркнул незыблемость иерархии, традиций, церковных таинств, а главное, посредническо-спасительную роль Церкви, то есть подтвердил и закрепил все то, что опровергали протестанты. Источником веры признана не только Библия, но и Священное Предание. Собор подтвердил главенство папы, священство, целибат, мессу, исповедь (на ухо), поклонение святым. Вопреки учению протестантов, Собор постановил, что спасение дается благодаря заслугам Христа, а вера – только путь к спасению, поэтому необходимы посредничество Церкви и благие дела. Учением о первородном грехе, об оправдании верой, семи таинствах была закреплена вся феодальная догматическая и организационная структура Церкви.