Миллионы лет тому назад на месте озера, акватория которого в настоящее время составляет 600 кв. км, длина – 77 км, а ширина в наиболее широкой части 14 км, плескалось море.
Особенностью Балатона является его небольшая глубина. Средняя глубина озера около 3 метров. Вода в Балатоне чистая, но не прозрачная из-за содержания в ней планктона. Дно озера Балатон, особенно на мелководье южного берега, покрыто мелким бархатистым песком.